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Populus trichocarpa gene Potri.001G006100
21

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Locus:	Potri.001G006100
Transcript name:	Potri.001G006100.1
Protein name:	27044920_peptide
PAC Transcript ID :	27044920
Chromosome:	Chr01
Start position:	399792
End position:	402224
Synonyms:	POPTR_0001s04320;
Description:
Best BLAST Aspen:
Best BLAST ATG:
Other transcripts at this locus:
PopIndel IDs:	GWR_100_431 GWR_100_153 GWR_100_421 GWR_100_165 GWR_100_19 GWR_100_100 GWR_100_428 GWR_100_543 GWR_100_297 XXX_100_121 GWR_100_546 GWR_100_581 GWR_100_572 GWR_100_442 GWR_100_86 GWR_100_364 GWR_100_553 GWR_100_210 GWR_100_274 GWR_100_497 XXX_100_96 GWR_100_192 IFG_100_61 GWR_100_243 GWR_100_197 GWR_100_193 XXX_100_236
Map Detail Image:

Legend: 5'UTR CDS 3'UTR

Genomic Sequence (- strand) upstream: downstream:

>Chr01:399792-402224[2433 nucleotides] 
ATGTGTGTGACTAGGAATAAAGGGGTGAATTATGAGAAATTCATCGAGCATTTTCAAGGTAAGACTAGAAAGTTTGAAAGGCTTAGCTTAGCTTTAGCTGTGTTTGTGTTTTTGGGCTCTGTTTTTTGTTGCTTTTGTATTGAGGTTGCTATGGTATCAGTGCCTCTTGGTTTTGAGATTTCAGGGTTTGATAGAAGTAGAACTTGGGTGTCTCAAAATGGGGTCTTTGCATTTGGGTTCTTAGAGAGTTGTTCAAAAGAAGATGAAGTTGATAGCTTTGTTGTGGGAATTAGGTATAATTTAGGAGATAATGAAGCTGTAAATGTTCCTGTATGGAGTGTTGGTGGTGGTCTTAGGGTCTCTATGAACTCCACGATTAGGCTTTCCATGGACGGGAGGCTAATTTTGTTAGATAACCCTAGTGGTGTGATTGTTTGGAGTAGTGATACTTCTAGTTTAGGTATTAGAAAGGCCAGTCTTTTGAATAATGGGAACTTAGTTCTTGTGGGTATTGAAGATAATGTGCTTTGGCAAAGTTTTAATAGCCCAACTAGCACTCTCCTTCCTGGTCAGTCTTTGCATTTTCCTCAAACCCTAAGAGCCCCTTCCAAAAAATCAACATCTAGTTACTACAGTTTTGTGATTCGGCACTCCGGAGAGCTTGCTCTTGTTTGGGAGAATAATGTGACCTATTGGAGTAATCATGTGAACCTTCTTGGGAGTGTTAAGGAAGCAATACTCGATGGTAATGGTCTTTTGGGGCTTATTGATACCAGTAATAAAACCATGTGGTCCATAACAAGCAAGGATTTTGATGAACCTTCTCCGACATTGAGGCGTCTTAAGATGGATTCTGATGGGAATTTGAGAATCTACTCATGGAACCATGTGCTCCATGAATGGAAGGTTGGGTGGCAAGCAGTTGAAAACCAATGTGATGTATTTGGTTCATGTGGTCTTTATAGTTTATGCGGGCTTAATTCCTCTGGAGCTGTCTGTGATTGTCTTTACCAGGATTCGGTAAATTGGGGAACTGGCCTATCCACAGTGGATTCAGGTAGTTCCGGGTGCAAGAAGATGGTGGATTTGGGGAACTGCAAGATGAATACAAGCATGATGGTTATGAGACAGACATTTTTGTATGGTCTTTATCCTCCCCAGGATGTTGATATCATGCTGAGCGAGAAAGCTTGTAAAGAATACTGCTCTAATGACACGACCTGCATTGCAGCAACTTCAAAAAATGATGGTACGGGTATTTGCACAATCAAGCGAACCAGTTTCATTAGTGGGTACGGGAATCCTTCTGTTTCTGCTACTTCATTCTTAAAAGTGTGTCTAGTCCCTCAGGCTGTTTCTGCTCGAGGAGCTAATCCTCATGTTACTGCGAAGCCAATTCCCACAACCAGAGGAGGTGACGGCAAGAACTTCACTGCAGCTATTGCTTTGATAGTTTTGGTAACAGCATCAGGTTTTCTGGCCATTGAGATGTTTGTTTTTTGGTTTATGTACCGCAAACGGAAAATTAAAGCTCATGTAAGAATTCCCTTTGGCAAGGATGCTCAAATGAATGCTCATTACAATAGTCTTATCAGATTAACCTTCGAAGAGATAAAAGAGATAACATCTGACCTTGCAAATAAACTTGGCCCCTCTGTTTATAAAGGTGCATTACCAAACAAAACAACTGTTATTGTGAAGGCTCTGAATGATGTGACAGCAAATGAGAAGGATTTCCGAGTTGCAGTCTCTACATTAGGAAGAATGCACCATCGGAACCTTGTGCTATTAATGGGTTTCTGTTTTGAGGCCAACAACAGGTTTTTAATGTATGAGTTTGTCCAGAATGGTTCTCTGGATAAATGGCTGCTCAACATGGAACCTGACCACAATGAAGGGACATGGCAGCAGAGACTTGACATTGCGCTTGGAGTTGCTCGGGCCCTTGCTTATTTGCACTCAGAATGTCAGATATGTGTAGCTCATGGGAACTTGAAGCTCGAGAATGTCCTGCTCGATGAAAATTTCATTCCTAAATTGACTGATTTTGGACTTGGAAGCTTGTTCGAGGAGGAGGCAGCATCCTCCTCAGTGTCTCCTTCAGAAAGAGATATCTACATGTTTGGGGAGATGCTGCTGCAAATTGTCACTTGCAAGAGGGATATACTGAGTGAAAATCTGAACCATTTGGTTGAGAAGACGAATGAAGAACCGAACTCAGAGGATAGCATAATCTCTGAAGAAGTAGAAAGAGTAGTGAGGATAGCTTTGTGGTGTATGCAAAATCAGCCCTTTTTACGACCTTCCATTGGCGAAGTGGTTAAGGTATTAGAAGGTACACTTTCTGTAGATAGGCCTCCATTAGGTTTTGCTTTTAGACCGGACCAGATGGAAGGGAGAGTTTTAACTGAGGTTGAAGTAGACTCCTCCTAG

CDS sequence:

>Potri.001G006100.1[2307 nucleotides] 
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Transcript sequence:

>Potri.001G006100.1[2307 nucleotides] 
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Protein sequence:

>Potri.001G006100.1[768 residues] 
MCVTRNKGVNYEKFIEHFQGFDRSRTWVSQNGVFAFGFLESCSKEDEVDSFVVGIRYNLGDNEAVNVPVWSVGGGLRVSMNSTIRLSMDGRLILLDNPSGVIVWSSDTSSLGIRKASLLNNGNLVLVGIEDNVLWQSFNSPTSTLLPGQSLHFPQTLRAPSKKSTSSYYSFVIRHSGELALVWENNVTYWSNHVNLLGSVKEAILDGNGLLGLIDTSNKTMWSITSKDFDEPSPTLRRLKMDSDGNLRIYSWNHVLHEWKVGWQAVENQCDVFGSCGLYSLCGLNSSGAVCDCLYQDSVNWGTGLSTVDSGSSGCKKMVDLGNCKMNTSMMVMRQTFLYGLYPPQDVDIMLSEKACKEYCSNDTTCIAATSKNDGTGICTIKRTSFISGYGNPSVSATSFLKVCLVPQAVSARGANPHVTAKPIPTTRGGDGKNFTAAIALIVLVTASGFLAIEMFVFWFMYRKRKIKAHVRIPFGKDAQMNAHYNSLIRLTFEEIKEITSDLANKLGPSVYKGALPNKTTVIVKALNDVTANEKDFRVAVSTLGRMHHRNLVLLMGFCFEANNRFLMYEFVQNGSLDKWLLNMEPDHNEGTWQQRLDIALGVARALAYLHSECQICVAHGNLKLENVLLDENFIPKLTDFGLGSLFEEEAASSSVSPSERDIYMFGEMLLQIVTCKRDILSENLNHLVEKTNEEPNSEDSIISEEVERVVRIALWCMQNQPFLRPSIGEVVKVLEGTLSVDRPPLGFAFRPDQMEGRVLTEVEVDSS

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PlantGenIE GeneLists

Species Name	Genes
Amborella trichopoda	scaffold00017.63; scaffold00017.67; scaffold00103.84; scaffold00068.90;
Oryza sativa ssp. japonica	OS03G62180;
Picea abies	MA_78595g0010; MA_5147g0010; MA_895977g0010; MA_7917g0010; MA_10426650g0010; MA_132342g0010; MA_91618g0010; MA_208216g0010; MA_10433041g0010; MA_202714g0010; MA_69585g0010; MA_126451g0020;
Pinus taeda	PITA_000010770-RA; PITA_000057028-RA; PITA_000026418-RA; PITA_000039323-RA; PITA_000010766-RA; PITA_000070393-RA; PITA_000000064-RA; PITA_000092193-RA; PITA_000076221-RA; PITA_000038188-RA; PITA_000068370-RA; PITA_000035863-RA; PITA_000075905-RA; PITA_000002882-RA; PITA_000071608-RA; PITA_000010764-RA; PITA_000083463-RA; PITA_000062713-RA; PITA_000082318-RA; PITA_000086506-RA; PITA_000046598-RA; PITA_000077721-RA; PITA_000026666-RA; PITA_000051097-RA; PITA_000032910-RA; PITA_000083464-RA; PITA_000047189-RA; PITA_000086505-RA; PITA_000047190-RA; PITA_000082900-RA; PITA_000050875-RA; PITA_000026667-RA;
Populus trichocarpa	Potri.013G115700; Potri.019G086200; Potri.019G086400; Potri.013G115800; Potri.019G086300; Potri.001G006100;
Selaginella moellendorffii	SM00070G01740; SM00002G02410;
Vitis vinifera	VV18G16760;
Zea mays	ZM01G58990;

Methods of the gene family analysis can be found here.

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